Seis anos depois da destruição de Raccoon City, Leon S. Kennedy vira um agente especial para o presidente dos Estados Unidos. Os diversos problemas envolvendo bioterrorismo após Raccoon e o fim da Umbrella, pressionaram o ex-presidente o que acabou fazendo que o presidente Graham assumisse o cargo colocando Leon como seu principal guarda-costas e de sua família. Entretanto, Ashley Graham, filha do líder americano, acaba sendo sequestrada por Jack Krauser, um agente duplo trabalhando para Albert Wesker e também para Osmund Saddler, o líder do culto religioso espanhol, Los Illuminados. O desejo de Saddler era de infectar Ashley com o parasita Las Plagas usando a variante "Plaga Subordinada" e devolvê-la para os Estados Unidos para que ela espalhasse ovos do parasita e assim, todos ficassem sob controle dos Los Illuminados, começando uma purificação no mundo. Wesker tinha interesse no parasita e por isso, não só mandou Krauser como também enviou Ada Wong para o trabalho. A diferença foi que Krauser se colocou como um subordinado de Saddler, obedecendo suas ordens para ganhar a confiança do líder religioso.
Ao chegar na vila El Pueblo, localizada na Espanha e território dos Los Illuminados, Leon é atacado pelos moradores que pareciam estar diferentes de serem pessoas normais. Os Ganados formam hordas para tentar matar Leon e sua única opção é matá-los. Após lutas e mistérios, Leon investiga todo o território e encontra um rapaz amarrado dentro de um armário, era Luis Sera, um pesquisador contratado por Saddler para estudar o Las Plagas. Assim que "solta" o rapaz, ele é surpreendido pelo líder da vila, Bitores Mendez. Leon até tenta lutar, mas acaba sendo pego por Mendez e os Ganados. Uma vez que Leon vira um prisioneiro dos Los Illuminados, os homens do culto injetam uma variante Subordinada do Las Plagas em Leon e seria apenas questão de horas para que os ovos eclodissem e Leon se tornasse mais um Ganado.
Os dois acordam algemados um ao outro onde projetam um plano de fuga da vila. Leon avança até conseguir encontrar Ashley em uma Igreja, mas ao ter seu primeiro contato com a garota, se depara com o líder da seita, Osmund Saddler. Os dois andam a vila inteira até serem encurralados por Ganados novamente e a única saída foi se abrigarem em um castelo pertencente a família de Salazar. É onde Ramon Salazar, o Oitavo Castelão, se apresenta e ordena que Ganados impedissem Leon de sair com a garota Ahsley do castelo. Não demora muito para que Ashley seja capturada novamente fazendo Leon seguir mais um tempo sozinho em busca da menina enfrentando armas biológicas e monstros de todo o tipo. Nos bastidores de tudo isso, Ada consegue ajudar Luis Sera a retirar a Plaga de seu corpo, mas em troca ela queria uma amostra do Las Plagas em sua mão.
Durante a procura, o policial reencontra a espiã Ada Wong que não puxa muito papo com ele. Ada deixa aquele ar de mistério no ar e não responde a pergunta crucial de Leon, o porquê da espiã estar trabalhando para Wesker. Mais a frente, Leon reenontra Luis que procurava comprimidos que retardariam as atividades da Plaga nos organismos de Leon e Ashley, ele também consegue uma amostra do Las Plagas para Ada Wong, mas bem na hora de entregar para Leon os comprimidos e antes de fechar o acordo com Ada, é morto por Saddler que recupera a arma viral e os remédios.
Durante a procura, o policial reencontra a espiã Ada Wong que não puxa muito papo com ele. Ada deixa aquele ar de mistério no ar e não responde a pergunta crucial de Leon, o porquê da espiã estar trabalhando para Wesker. Mais a frente, Leon reenontra Luis que procurava comprimidos que retardariam as atividades da Plaga nos organismos de Leon e Ashley, ele também consegue uma amostra do Las Plagas para Ada Wong, mas bem na hora de entregar para Leon os comprimidos e antes de fechar o acordo com Ada, é morto por Saddler que recupera a arma viral e os remédios.
Seguindo em frente, Leon resgata Ashley mais uma vez e procura sair do castelo. Assim é feito, Leon consegue traçar mais planos junto a filha do presidente, entretanto, a menina é capturada mais uma vez na saída do local fazendo com que Leon corra atrás da menina de novo. Nessa correria, ele se depara com Salazar que se funde com um ninho da Plaga Rainha desenvolvida e com um de seus guarda-costas Verdugo e acaba se tornando um monstro gigante. Leon consegue matá-lo com sorte e então, sai do castelo e vai direto para uma ilha com a ajuda de Ada. A ilha é pertecente aos Los Illuminados e era um local de experimentos e testes de armas biológicas com o Las Plagas.
A espiã deixa Leon sozinho e os dois divergem seus caminhos novamente. Mas logo após mais Ganados e armas biológicas, Leon é salvo por Ada durante um confronto com Jack Krauser, seu ex-parceiro de trabalho que forjou sua morte em uma missão para trabalhar com Albert Wesker sob sigilo. O confronto não acabara ali, apesar de ser salvo por Ada, Leon encontra Krauser mais a frente e trava uma batalha onde consegue sair com vitória rumo ao paradeiro de Ashley, entretanto, quem realmente acaba com Krauser é a própria Ada.
No paradeiro de Ashley, Leon encontra Saddler novamente que por pouco chega a matar o agente que é salvo, novamente, por Ada. A mulher luta contra Saddler enquanto Leon segue até uma máquina para retirar o parasita Las Plagas de seu corpo e do de Ashley. Mas Ada não consegue vitória e é mantida de refém na última batalha. Leon e Ada se ajudam para acabar com Saddler, todavia, ao matarem o líder da seita, Ada rouba uma amostra do parasita e foge deixando apenas a chave de ignição de um jet-ski que é usado por Leon para sair da ilha com Ashley em segurança e retornar aos Estados Unidos com a missão cumprida.
